Hombre, recomendable, si y no. El sistema va más rápido, se nota, pero por contra no hay flash player, plugin de acroread, o versión de win32codecs por ejemplo.
No, no se pueden instalar programas de 32bits, no a pelo (hablo de Ubuntu). Hay que crear un chroot de 32bits para ello, que me parece una gran putada.
A la espera de que se decidan a currar un poquito y sacar versiones de 64bits de lo que ahora no hay y se echa de menos, lo que hago es olvidarme de flash y de algunos códecs de vídeo (se pueden copiar los códecs del mplayer -descargables desde su página web- y utilizarlos, pero no están todos) que son a mi parecer las ausencias más destacables.
Es un poco más follón encontrar cosas que en 32bits, pero como todo, a medida que se vaya extendiendo más su uso se hará más sencillo.
Un saludo.