"o eso tengo entendido" no suena muy científico.
La reasignación a una zona spare la hace la controladora y el marcado de sectores defectuosos la hace el SO. Ambos son idependientes, y si el SO detecta un fallo de escritura antes de que la controladora remapee el sector, lo marcará como defectuoso. El SO ya lo ha marcado y no reintenta recuperarlo, por lo que la controladora puede remapearlo, pero el SO ya no lo usará. En cualquier caso, ambos son síntomas de fallos en el disco. Yo no usaría un disco donde la controladora haya remapeado sectores para almacenar datos importantes.
Saludos.