claro. Cuando metes una Ms sin formato PSP te faltan casi todas las carpetas, porque solo se te crean por defecto la PSP y su interior para salvar las partidas. Cuando formateas un Ms en PSP le da el formato del custom firmware que tengas instalado. Añadiendote la carpeta ISO, Seplugings y la otra no me acuedo ahora... mete todos los juegos en la carpeta ISO, los juegos PSx en game con su correspondiente keys.bin (cada juego en diferentes carpetas) y el homebreew en la carpeta que tengas el kernel (game150 o game 371).
Tranquilo que tu PSP esta más sana que una pera.