Hacer un cable para conectar la GBA con el pc no es difícil, el problema es cuando quieres que además funcione con los cartuchos flash. Generalmente los cables de los cartuchos flash incorporan una placa que supongo que se encarga de encriptar/desencriptar los datos enviados por el pc, para que unos usuarios "de a pie" no se puedan crear cables y adaptadores en casa.
Vamos, que podrías hacerlo; pero no es un simple cable directo. Primero tendrías que leer todos los chips que incorpora la placa de un cable oficial, y después montarte tu propia placa.