La diferencia ya la he explicado, el problema es que esta placa gasta muchisima intensidad en la linea de 5V, como 10A, con lo que si hay solo un cable que lo trae de la fuente, puede fundirse o fundir el pin al que esta conectado. Si conectas todos los conectores auxiliares con el mismo cable no solucionas nada. En cambio, si de la fuente salen 2 cables diferentes independientes conectados a sitios diferentes, esa intensidad se reparte mejor. Para eso esta ese conector adicional, si se pudiera hacer como lo haces tu entonces ese conector no tendria sentido, ya que podrian haberlo puesto todo junto directamente. Si quieres comprueba que los pins de 5V del conector JAMMA y los de ese conector ya estan conectados a traves de la placa.