El filtro de SmartScreen no siempre es el causante de esos avisos. El propio Windows también dispone de una "lista negra" de aplicaciones que bloquea por derecho simplemente para autoprotección. En este grupo se suelen incluir antivirus antiguos, sistemas anticopia anticuados o programas que modifican el núcleo del sistema de alguna manera, entre otros muchos. Estos programas existen en esa lista porque ya se han testeado previamente por Microsoft y han demostrado dar problemas de estabilidad severos.
Quizás este sea tu caso.