Haber el ejecutable se llama "mldonkey" eso solo lo hace funcionar pero tu no lo ves , para verlo como se en windows mldonkey tiene una interfaz grafica que se llama mldonkey_gui2 con eso ya lo tienes , primero ejecuta "mldonkey" y luego "mldonkey_gui2".
No tiene ninguna dificultad , si tienes algun problema mas , postealo pero vamos es de lo mas sencillo.