Los juegos de plataformas si tienen su historia (gracias sobretodo a Yoshi's Island que explica el motivo de porque Mario y Luigi son quienes traerán la desgracia a la familia de Koopa o porque pese a ser "personas normales" accedieron al Reino Champiñon)
Luego la cosa se mareó bastante pero vamos, que en principio si había un canon, que obviamente ha sido mareado y cambiado segun conviene porque lo importante del juego, desde luego, no es la historia.
Mario RPG, Paper Mario y Mario and Luigi Superstar saga se podrían hilar entre ellas, ya que son las que tienen más historia y bastantes puntos en común.
Pero bueno, las contradicciones están presentes en prácticamente todas las historias de los videojuegos (incluso los que supuestamente tienen historias importantes) pero claro, luego sale el programador/productor listillo y dice "esto y esto no es canon" y ya está. Por ejemplo, el nuevo Guilty Gear no continua al último que salió, si no a una versión anterior, con lo cual los posteriores a esa versión han salido del canon por la puerta de atrás.
Aun recuerdo cuando se quitaron juegos de la historia de Castlevania porque no encajaban con lo que se había hecho luego o simplemente eran juegos malos hechos para ganar dinero, y dejar así una linea oficial importante y "sólida". Sin embargo en la actualidad todos los Castlevania antiguos (incluyendo los mejores) ya no forman parte de la historia oficial, así que dejaron de ser canónicos.
Y es ahí, cuando te das cuenta lo poco que importa el canon, pues es variado por la moda del momento sin tener en cuenta la idea original.