Por tocar los potenciómetros no le va a pasar nada, sería lo mismo que ajustar esos mismos parámetros en el Service Mode.
A ver, una vez que ajustes el aspect ratio ya no deberás de tocarlo más. Con según que sistema conectes puede que la imagen se desplace un poco, es normal, cosas del RGB, lo que si tienes que tener en cuenta es que si el ajuste lo haces en PAL cambiará una vez que le metas NTSC y viceversa, en ese caso si que necesitaría un reajuste. Es por eso que yo opté por hacerle un mod para tenerlo a mano, pero como no toco PAL ni con un palo porque siempre juego NTSC a 60hz no tengo problema.
Puedes probar lo que te comenta el compañero, yo desistí porque no encontré la manera de volver a 4:3.