Lo de que se tire un rato "haciendo cosas" es seguramente el fsck comprobando errores en el disco duro (lo hace cada X arranques).
Hay una carpeta lost+found en cada partición y en ella se guardan, en caso de encontrarse, los "trozos" de archivos que fsck recupera (normalmente por culpa de apagar mal el pc). Que esa carpeta exista es normal (aunque la borres se volverá a crear automáticamente cuando vuelva a correr el fsck), pero si apagas siempre bien y aun así hay cosas dentro de ella entonces ya no tanto.