Me imagino que lo sabras, pero por si acaso te lo digo: Maquetar en HTML es una mala practica. No hagas frames ni uses tablas de maquetacion, porque la pagina resultante no sera accesible. El resultado en HTML debe ser una pagina de mierda y realmente fea.
Para que quede bonita, tienes que introducir el CSS. El javascript solo sirve para determinadas funciones, pero si lo puedes suplir con PHP, mejor que mejor.
Un saludo.