Exteriormente yo no los diferencio. Por dentro además de lo que ya comentaron, ten en cuenta que megadrive tiene distintos tipos de cajas además de las estándar, como las de los cartuchos de electronic arts o algunos especiales como la del micromachines para cuatro jugadores. En estas últimas los materiales exteriores como el plástico negro y el transparente son ligeramente diferentes.
Las de los juegos que en la portada tenían franjas azules en vez de negras y el logotipo de megadrive moderno en vez de el clásico también eran ligeramente diferentes entre sí. Más o menos el cambio coincidió con la salida del Sonic 3.