Asegúrate de que los drivers están correctamente instalados:
1- (bastante obvio) Mira que en /etc/X11/xorg.conf en la sección "Device" referente a la tarjeta tengas Driver "nvidia" y no Driver "nv".
2- Haz un locate libGL.so, y para todos los archivos encontrados asegúrate de que sean librerías de nvidia o apunten a dichas librerías, y no a librerías de Mesa.
Las de nvidia tendrán un nombre como libGL.so.1.0.XXXX, donde XXXX es la versión de los drivers de nvidia que tengas instalados.
Para las demás que aparezcan, haciendo un ls -al /ruta/al/archivo/libGL.so debería salirte algo como esto:
/ruta/al/archivo/libGL.so -> libGL.so.1.0.XXXX
