¿Que haces exactamente con el programa? Yo ya pasé hace tiempo mis partidas del cartucho original a la SC usando la ETool v3.12. No hay que pasarlo por el parcheador de la SC ni nada por el estilo.
Directamente metes en tu SC el archivo .nds y el .sav, arrancas el programa, haces "backup from eeprom to sram", apagas la consola, la enciendes inmediatamente después de apagarla (no esperes nada a ser posible), te vas a la pestaña "saver", eliges el .sav del etool, le das al botón A, y confirmas que guarde el archivo .sav a la tarjeta SD/CF. Y ya está, ya tienes la partida del original en tu tarjeta SD/CF.
Reseñar una cosa. Si el programa te da fallos del tipo "la sram no tiene formato", quita todo de la tarjeta SD/CF y mete de nuevo la ETool y su .sav, y sólo ellos. Algunas veces la existencia de más ficheros (sobre todo con nombres largos o en subdirectorios) puede dar por culo a la hora de ejecutarlo y salvar las partidas.
Para convertir las partidas de la ETool en partidas compatibles con la SC, usa el ejecutable que viene con la ETool específicamente para ello.