Puedes hacer una cosa, mira en el evox.ini si tienes esta línea, en la zona donde salen los chips a flashear:
Flash = 0xbf61,"SST - 49LF020",0x40000
Lo digo porque con la primera versión del evolution que incluyó la opción de flasheo, mi .ini me venía con una almohadilla delante de la palabra Flash (ejemplo: #Flash) y de ese modo quedaba desactivada la opción. También se me quedaba quieto sin hacer nada.
¿seguro que estás en modo 4? Por si acaso, supongo que sabrás que es el modo en el que el matrix da una luz anaranjado y parpadea
Como te ha dicho ermejor, actualiza tu versión de evolution y seguro que así se arregla todo (aunque ahora acabo de ver, que pones en el título que tienes la última...).