En la SD no se guarda absolutamente nada más que los datos binarios de los juegos, sin ningún tipo de información personal, ni cuenta, ni partidas.
Verás exactamente lo mismo al encender la consola con la nueva tarjeta, tu mismo menú con todos tus juegos, solo que los juegos estarán sin descargar.
Es decir, no es algo de lo que haber backup. En el momento en que cambias de tarjeta, tienes que bajarte de nuevo los juegos, pero no tienes que pasar datos de una tarjeta a otra.
Saludos.