¿Cómo está exactamente estructurado el tema?
Porque si, por ejemplo, imagínate que quieres sincronizar los datos de X programa, guardados en C:/datos. Esos datos se guardan en 3 carpetas:
-C:/datos/texto
-C:/datos/config
-C:/datos/imagenes
Si se guardasen así, y sólo quisieras tener sincronizadas una o dos de esas carpetas (por ejemplo, quiero sincronizar texto y config pero aislar imagenes), y sin sincronizar los archivos que se guardarían en la propia carpeta C:/datos, podrías hacerlo mediante enlaces simbólicos.
Si, por ejemplo, quisieras hacer lo mismo pero sincronizando también/ó datos que se guardan en la propia carpeta C:/datos (y no sincronizar imagenes, o alguna o varias de las carpetas que hay en C:/datos, sólamente la propia datos sin sus subcarpetas), no existe forma que yo conozca.
El cliente de MEGA sincroniza y tiene opciones más avanzadas, te permite sincronizar carpetas por separado que tú quieras (no se limita a sólo una carpeta concreta), y creo que tiene un sitio donde puedes excluír archivos, y no sé si también carpetas, la verdad nunca probé esta funcionalidad de exclusión.