Yo lo k he usado para estudiar java en el primer año de carrera, ha sido el JCreator 2.5 (hay version gratuita y de pago, pillate la gratuita k con esa vas sobrado) , aunque primero tienes k instalar el SDK de Java, yo usé la version 1.3.1 y ningun problema, no te pilles esa k dice Zeus dela 1.5.0 beta.....pq para lo k vas a estudiar no merece la pena meterse en lios.
En cuanto a manuales no se tio, para eso yo soy partidiario d ir a la biblioteca de la uni y pillar un buen libro de Java. Me canso de leer textos en la pantalla del ordenador, además d k me resulta mas incomodo el PDF al papel