si tu ps3 estuviese mal del hdd te darias cuenta en breve, te pediria formatear el hdd o te soltaria una luz amrilla etc. Si quieres desfragmentar tu hdd del ps3, en el recovery hay una opcion que se llama "restaurar base de datos".
Sobre la advertencia de que la consola se apago mal, es comun que salga cada que lo apagas mal o se te congela la consola por alguna extraña razon y enseguida la apagas correctamente y sale esa advertencia.