Te cuento lo que yo he visto que aún no está solucionado:
EyeTV3 de ElGato, fallo reportado por ellos y sin solución por parte de Apple aún, cuando inicias la aplicación no recibe canales de TV. Has de desconectar el USB y volverlo a conectar para que los reciba. Una putada si quieres hacer grabaciones de TV si no estás delante (programadas)
Previsualización de video en modo coverflow. Si tienes una carpeta llena de videos en diferentes resoluciones y le extiendes la pantalla un poco para hacer vista previa sobre ellos, se detiene la reproducción sin más y no te deja iniciarla hasta que cambias a modo lista, redimensionas la ventana y le vuelves a dar al play. El cursor se vuelve como loco. Esperando a ver si lo arreglan en la nueva versión de El Cap.
En equipos sin SSD (iMac de 27 de 2011 en mi caso) spootlight va lento, muy lento. En Yosemite volaba.
Que no tenga nativamente reparar permisos (con la de "tonterias" que solucionaba) es un problema. Menos mal que ya hay versión Onyx que lo hace pero "capada" y se nota en la reparación.
Y seguro que más cositas. Depende de lo que vayas a usar te puede molestar más o menos.
Salu2