@uchi23a hay editores de video que permiten la TRANSCODIFICACION, que es lo que buscas. Aunque a decir verdad con el MULTIPLEXOR mkvmerge que estas usando tambien puedes segmentar un video; aunque yo no usaria la opcion de VINCULAR los segmentos y en su lugar queden como archivos individuales. Igual crearia la segmentacion en base a la DURACION en lugar de un tamaño de archivo.
Igual con FFMPEG o con una se sus tantas GUI; como el lossless-cut que te han puesto, deberia ser posible segmentar el video sin mayor problema, pero la verdad, no me gusta mucho como lo hace FFMPEG, pero de servir sirve.
Luego, lo que veo es mas problema de hardware que un problema del sistema de archivos, bien sea por el software reproductor que uses se agrega algo mas de problematica. Bien, yo veo mas problemas con el tema de RAM y de las capacidades de decodificacion por hardware, porque ya segmentado el video en subarchivos del tamaño necesario y si aun asi no puede reproducirlos es que o el stream de video por como fue codificado excede las capacidades de decodificacion del SoC de la tablet, o bien, le falta RAM [o mas bien VRAM] para algun tema de la decodificacion.
Como sea, yo instalaria PARAGON exFAT/NTFS/HFS for USB y no usaria software caquita como VLC y similares
->paragon-software.com/free/exfat-ntfs-fat32-hfs-android
->play.google.com/store/apps/details?id=com.paragon.tcplugins_ntfs_ro&hl=es&gl=US