El programador de tareas de Windows puede ejecutar tareas que se cierren automaticamente al finalizar (p.e. un comando ms-dos, una copia de seguridad), pero por el contrario, si ejecuta una aplicación, esta debe ser cerrada manualmente por el usuario.
Puedes ejecutar tantas aplicaciones como te permita el equipo, pero no se cierran, simplemente es un "lanzador"