Todas las alternativas antes mencionadas salen buenas obviamente debes ajustar tus necesidades ya que cada opcion tiene sus pros y sus contras (como todas las cosas) y he aqui unas cuantas cosas que te pueden servir de referencia: (Solo GBA)
SuperCard
Pro=es bastante economica,es estandar osease la mayoria de los homebrews trabajan bastante bien (sean viejos o nuevos),en juegos de GBA te permite hacer un "Real time save" (como en el emulador) y te permite llevar varios saves del mismo juego a la vez (4 normales y 4 RTS)
Contras=Tiene una interfase muy sosa, algunos juegos se ralentizan, no es personalizable como las otras 2, no posee reloj interno,Solo soporta Fat 16 (su capacidad maxima para memorias esta limitada a solo 2 GB) y es demaciado simple
M3
Pro=tiene reloj interno,trabaja muy bien (ningun juego se ralentiza) es bastante estable, es estandar igualmente es bastante compatible con homebrew viejo y nuevo posee varias opciones de parcheo si es que algun juego o aplicacion no trabajen a la primera y posee multimedia integrado (este agregado casi no se usa mucho pero es bastante bueno siendo de GBA) y tambien soporta Fat 32
Contras=es mas costosa un poco mas complicada de manejar (comparado con SC y EZ4) sus saves no son estandares (son en formato dat y no sav)
EZ4
Pro= es de facil manejo es bastante confiable y bastante estable con juegos de GBA tiene saves estandar,soporta fat 32 (osease soporta memorias superiores a los 2 GB) y en pocas palabras es una buena opcion para el usuario nuevo que quiere un producto confiable.
Contras=No todo el homebrew es muy compatible (en especial el mas viejo) esta intermedia en personalizacion (entre M3 y SC) y que de alguna manera no ofrece nada especial
G6
Sobre esta unidad apezar de tener prestaciones superiores a las anteriores 3 (compatibilidad y desempeño) ya que trabaja muy bien en este apartado Pero francamente a mi en lo personal tiende a ser una unidad muy limitada respecto a capacidad la cual es una de sus mayores desventajas (para el usuario que carga hasta con el fregadero de la cocina) pero en gustos se rompen generos..
Y como nota adicional la tolerancia maxima para juegos de GBA (tamaño de los archivos *.GBA) es de 32MBytes aunque obviamente cualquiera de las 4 antes mencionadas soporta varios archivos de estos (ninguna soporto archivos superiores a esta cantidad de megas) y en el apartado NDS (de estos su capacidad maxima hasta ahora son de 128 MBytes) las 4 poseen prestaciones y ventajas similares (no hay pros y contras significativos) pero como es obvio yo no tengo la palabra final.