La profundidad 3D, incluso en juegos de SNES, requiere una programación específica para cada juego que no se puede añadir de forma general. Va por capas y cada juego tiene capas diferentes. Como comenta el compañero hay intentos, pero quedan bastante horribles xD
De todas formas, lógicamente en un monitor normal no podrías apreciar el efecto 3D analógico que tiene la 3DS.