No creo que estes mejorando la disipacion, ya que donde realmente se disipa el calor es en el radiador en si, de todas maneras para ver si la mejora es real, debes medir temperatura de la cpu en idle y en carga cada vez que introduzcas una "mejora".
Como consejo, estudia el flujo de aire de tu caja, obviamente si inviertes el ventilador del disipador y en vez de sacar el aire hacia los ventiladores de la caja que extraen el aire caliente lo dejas dentro, no vas a mejorar las temperaturas, como mucho te las podrias arreglar para añadir otro ventilador mas, para mover mas aire entre el disipador, que es lo unico que podria mejorar la temperatura de alguna manera.