Si no te lo decía como algo malo, si me parece hasta normal que la gente seleccione 320x240 para AES en retroarch, no entiendo el por qué no añadieron 320x224, cuando además para 224 tienen unas cuantas resoluciones, y eso imagino que llevará a confusión a la mayoría. No sé cual le tendrías puesta, pero sí que sé que si quieres ver los juegos igual que en una AES tienes que seleccionar 640x224p.
Lo que dices que te pasa en tu TV ya ves que no tiene nada que ver con como se ve cada pixel, es un problema de refresco que será cosa de la TV, que una vez generada la imagen quede igual, no significa que la información que llega a la TV sea la misma.
Si quieres puedo sacar fotos de varias resoluciones diferentes para que veas que no hay ningún tipo de parpadeo y que además la imagen es igual entre ellas.