Yo estoy algo perdido tambien... Y mira que la saga MGS es la que más me gusta... (me decanté por PS3, gracias al MGS4)
Yo he jugado al MGS2, y tengo el MGS3 Subsustance, y de ellos, sólo te puedo decir, que jugando al 3, conoces las raices de Ocelot, de Solid Snake, y de los Patriots.
Creo que por tu parte no has acertado en jugar al MGS3, ya que para mí es de lo mejor en PS2
Y mi fallo enorme, el de no haber jugado al MGS1 xD Tendré que pillarmelo original para jugarlo en PS3.
En el 3, puedes más o menos descubrir porque BigBoss se vuelve malo, y conocer a la MENTORA de BigBoss (The Boss). Conoces el primer Metal Gear (arma de destruicción) que es un tanque guapísimo.
La trama y sobre todo las cinemáticas del juego, no tienen desperdicio ninguno.
Por lo que conozco de MGS1, sé que existen 3 hermanos (Solid, Liquid y Solidus Snake) y ellos son clones de BigBoss, y cada uno con sus defectos.
Yo también estoy ahora un poco perdido xD