@RuSpider O son CHAPTERS o son 'puntos' CUE lo que se usa para marcar los tramos y poder saltar a ellos en el contenedor matroska, si son puntos CUE en un editor de audio pueden usarse para hacer el corte, ya seria vieras como se usan los puntos CUE en el editor de audio que uses.
Hay editores de audio que pueden abrir directamente el contenedor de video matroska [mkv y mka] o el MP4 [MP4V o MP4A] con lo que no requieres extraer la pista de audio del archivo matroska; que por cierto se extraeria con el programa MKVEXTRACT [un programa tipo DOS] + la interfaz grafica MKVEXTRACT_GUI.
hilo_gran-editor-de-audio-gratuito-acon-digital-acoustica-basic-edition-6_2194389hilo_otro-mas-editor-de-audio-gratuito-wavosaur-free_2198613hilo_cockos-reaper-editor-de-audio-de-64bit_2168655hilo_pa-que-se-oiga-bonito-gran-editor-de-audio_2086071Si son CHAPTERS pudes usar MKVMERGE para cortar cada chapter, asi tendras dividido en archivo matroska en archivos individuales. Asi digamos el video esta compuesto de 10 chapters tendras 10 archivos matroska y ya podras recodificar cada audio a su MP3.
Abres MKVMERGE, usas el boton MERGE, arrastras el archivo matroska-video que quieres seccionar, vas a la pestaña OUTPUT y en el panel SPLIT, eliges SPLIT MODE>BEFORE CHAPTERS, en el campo CHAPTERS NUMBER: escribes 'ALL' para separar todos los capitulos. En la parte inferior donde esta el OUTPUT FILE indicas el nombre del archivo y la carpeta donde estaran los archivos que se van a generar. Pulsas el boton START MUXING y en unos segundos tendras los archivos MKV numerados
TIP, puedes dejar marcado solo el componente de audio y si tendras archivos MKA [solo audio]
Ejemplo, este archivo MKV tiene 20 CHAPTERS; que aparecen como MENU cuando lo examinas con el programa MEDIAINFO.
mediainfoComplete name :Moana 2016.mkv
Format : Matroska
Format version : Version 3
File size : 5.95 GiB
Duration : 1 h 47 min
Overall bit rate : 7 941 kb/s
Writing application : mkvmerge v4.9.1 ('Ich will') built on Jul 11 2011 23:53:15
..
Menu
1 : en:00:00:00.000
2 : en:00:07:15.685
3 : en:00:11:59.802
4 : en:00:16:13.764
5 : en:00:21:29.580
6 : en:00:28:02.806
7 : en:00:32:11.346
8 : en:00:35:16.281
9 : en:00:41:36.869
10 : en:00:45:04.869
11 : en:00:49:10.322
12 : en:00:53:21.031
13 : en:01:10:46.075
14 : en:01:23:17.075
15 : en:01:36:13.726
Tendrias 15 archivos al final
O por ultimo, abriendo el archivo MKV en el editor de audio [ya sea que lo reconozca directamente o extrayendo el componete de audio], puedes usar los tiempos del chapter para ir haciendio los cortes de manera manual, asi em´pleando los tiempos del ejemplo antrior el primer corte lo harias en el tiempo 7:15 [7min15seg], el segundo corte a los 11:59 [11min59seg].
MediaInfo
https://mediaarea.net/es/MediaInfo/Download/Windows.