1- extraes la iso (ya sea de tu disco o del HDD)
2- con wiiscrubber 1.4, usas la opción "Trim"
3- obtienes una iso "limpia" (que no es comprimida)
ahora, si lo que quieres es una iso comprimida, entonces también puedes utilizar el método de compresion CISO. creo que algún WBFS manager lo tiene incorporado.