Lo de 1 o varios archivos es porque en fat32 no se puede hacer que un archivo ocupe mas de 4 GB. En cambio en NTFS si que se puede.
Por eso puede elegirse crear la imagen en varios archivos o solo 1. Como uso Windows XP suelo tener NTFS y asi no tengo problemas y las imagenes ocupan 1 archivo.
Siempre he usado el CloneCD y no se si esta la opcion en este programa y lo hace depende de que particion tengas.