No es que el juego se cargue con la gba, sino que se carga cuando juegas con el. De este modo, si dejas de jugar, la pila de los saves se descarga y pierde la memoria que tenias guardada (que no los juegos, solo los saves).
Si crees que no vas a jugar en un tiempo y no quieres perder las partidas, puedes pasartelas al PC o grabarlas en la memoria SMS que guarda los saves como ROM y no como RAM.