¿Qué versión de kernel tienes?
Actualiza a la 1.86c, es la última estable. Hazte también con el resetsp.bin más reciente. Si sigue dándote problemas, quizás sea el sav que descargaste, puedes que no sea compatible con tu EZV.
Pregunto que versión de kernel tienes porque de tu mensaje se deduce que usas una antigua. Me refiero a lo que comentas sobre "backup save file" y demás mensajes. El único mensaje que sale ahora es el de "Cargando ROM".
Con las nuevas versiones los saves son directos a la MicroSD, no se copian al chip de memoria del cartucho (chip que ni existe ya en el EZ5 Plus). Con el método antiguo si querías cambiar el save de un juego tenías que cargar antes otro, ya que el EZ5 siempre hacía un backup del último juego cargado. Es decir, que si jugabas al Pokemon Platino, apagabas la consola, y copiabas dentro de tu MicroSD un sav bajado de Internet, este último no te serviría de nada, al iniciar el juego se volvía al save que está dentro del chip del EZflash.
Por eso supongo que cargas antes el Pokemon Perla, pero aún así no te funciona el save. En fin, que lo mejor es actualizar para asegurarte la compatibilidad con los juegos más recientes.