1º Sí, puedes cargar roms. Sobre si necesitan parche, supongo que alguna sí, pero yo con mi EZ Flash II no he necesitado hacerlo nunca.
2º No, no se puede hacer funcionar ni roms de GB ni de GBC. Podrías jugar a roms de GB, pero sería en emulador, y no todos funcionan bien.
3º Cuando compras un EZ Flash III, lo único de más que necesitas para jugar A JUEGOS DE GBA sería el programa para grabar cosas en el cartucho (el EZ Client), que se puede bajar de la web de EZ, y los drivers, que ya vienen incluidos cuando te bajas el programa este.