Pues para el ezflash II sólo puedes usar el ezclient. El ez3manager ni lo reconoce.
ez3manager y ezclient utilizan drivers distintos, así que no hay problema para que los tengas instalados en el mismo ordenador. Yo también tengo un ezflashIII y un ezflashII de 256Mb y me funciona perfectamente.
Sólo una precaución: cuando grabes el ezflashIII cierra el ezclient y manten abierto sólo el ez3manager y cuando grabes el ezflashII cierra ez3manager y abre sólo ezclient o te volverás loco buscando la causa de por qué te vuelven a aparecer las roms que acabas de borrar del cartucho (las borras y pasados unos segundos el otro programa refresca el cartucho y te las vuelve a mostrar)