Hola!
pues les comento como fue la cosa. El gba exploader definitivamente no sirvio (carga las cosas hasta la pantalla de "gameboy advance", ahi se cuelga y no hay otra que resetear). Siguiente testeo, gbata, parchee las sram de las roms e inclusive las strimme (pesan algo menos, no es que me importe pero, ya que estaba)
Algo a destacar, a mi ezflash V le instale un kernel que encontre (un tanto suicida lo mio) la version 1.90 beta (solia tener 1.86), instale esto ya que por lo visto mejora la compatibilidad con gba, y efectivamente asi fue.
Probe unas 3 roms, sonic advance, castlevania harmony of dissonance y super mario advance 3, ambas graban (y reconocen los saves cuando se los cargo, de hecho baje un save del cv y lo meti en la carpeta GBASAVE, y ni tuv que cargar la rom manualmente, esta fue reconocida de una), cuando cargo una rom en el 3 in 1 hace a su vez el mismo proceso de siempre (erase a lo anterior, write a la nueva) sumado un extra que no estoy seguro si es gracias a la kernel, un "patching".
Por lo que he testeado funciona perfecto, no estoy seguro si es gracias al parcheo de gbata, o la kernel nueva, o la combinacion de ambos elementos, pero al menos por lo que pude probar va de diez, asi que demas esta decir mil gracias por pasarme el dato de estas excelente utilidades!!!