en primer lugar supongo que estaras usando el ezmanager la version 1.01...
lo que tu dices que te sale como un cartucho de 256 es normal... lo que pasa es que este cartucho posee 256 mb para poder meter el loader (aunque tambien se pueden meter roms) + 1024 Mb de memoria para meter las roms, archivos, etc..etc..
lo que tienes que hacer es meter las roms en la ventana que hay debajo, donde pone ezdisk manager... alli es donde el linker posee la capacidad de 1 giga...
desde alli las puedes ordenar, meter en carpetas, etc..etc..