Que version del loader tienes? Supongo que tendras uno relativamente nuevo, asi que cuando cargues el juego asegurate de que cambias el cuadradito donde pone "GBALinkON" por "RumbleON" pulsando sobre el. Lanza el juego con lo de "RumbleON" y ya te deberia ir perfecto.
P.D: Como el rumble del M3 solo tiene una funcion entra en juego la vibracion si o si, pero el EZ 3en1 funciona segun le diga el loader que lo haga, y por defecto le dice que funcione como un juego de GBA o RAM, si cambias lo que te he dicho le dice que funcione como rumble.