Utilizo el programa gcit, mucho mejor que el GC-Tool.
En primer lugar cargamos la iso normal como si fuese GC-Tool, después le damos a File, Extract, GCReEx format, y guardamos la ISO donde queramos.
Una vez realizado esto ya podemos manipular la ISO libremente, cambiar carpetas, editarlas ect...
Después de modificarla como deseemos, vamos a File, Open folder y cargamos la carpeta donde está la ISO modificada, le damos a File de nuevo, Save Iso y después tenemos que darle a Trimmed, si le damos a Full size nos da error.
Importante hacer de este modo para que no se dañe la imagen. Posteriormente se le puede dar a Full size si la queremos en tamaño original, ya que con Trimmed (Que insisto es imprescindible la primera vez para que no de problemas) nos reduce mucho el tamaño, aunque funciona perfectamente con tamaño reducido, yo las dejo así y me van perfectas sin cuelgues.
Un saludo.