Altium me atreveria a decir, sin conocer algunos, que es el mejor. Es el software que se utiliza mas profesionalmente y mas al dia de hoy, mas que OrCad y Eagle.
Es muy bueno, aunque complicadillo, da soporte para cualquier tipo de fichero y gerber actual.
Por otro lado en cuanto a fabricantes tener en cuenta que un pedido de 1 und sera carisimo, en Eurocircuits puedes pedir 2-5 unds a modo de prototipo a un precio razonable (dependiendo de complejidad, clase de PCB, capas....) 40-80e(los 5) con plazos de entrega de 7 dias y un software online realmente bueno.
para precios de e2prom busca en RS o FARNELL, DIGIKEY, que aunque son algo caros suelen tener de todo y son extremadamente rapidos.
para pedir las pcbs seria bueno hacer un pedido conjunto entre varios.
Lo que yo suelo hacer es el esquematico en orcad, NI pcb suite o Altium, pasar a PCB con un autoruteo (aqui Altium es BIG BOSS) y generar GERBERs, los cuales subo a Eurocircuits y me generan la oferta y archivos en pdf de como quedaría la PCB final.
Altium tiene un Import Wizard que te permite importar y editar casi de todo. (parezco comercial
)