Fallo conexion mysql desde php

Hola tengo un problema al hacer una conexión con una base de datos Mysql. Es algo bastante extraño puesto que desde el archivo que hago la conexión es un archivo php y este mismo archivo ejecutado desde un navegador me da el error de que no se puede conectar, y si lo ejecuto desde la línea de comandos, php miarchivo.php si puedo conectar con la base de datos mysql.

Comentar que la conexión a la base de datos mysql esta en otro servidor no en el mismo servidor donde ejecuto/lanzo el archivo ph.

En resumen el servidor A tengo el archivo php que conecta con la base de datos del servidor B, y al lanzarlo desde la la instrucción php de terminal funciona y al lanzarlo desde la interfaz web no, ¿por qué puede ser?

PD: he probado a darle todos los permisos al archivo, a cambiarlo de grupo para que sea el mismo que el de apache hasta incluso he probado que la interfaz web lance una instrucción system en php, pero sigue sin funcionar....

Un saludo