Yo presiento que tirarán por los más sano, sencillo y seguro para ellos y formateará toda la unidad, pero no sería ninguna tontería probar eso.
La partición lo más probable es que vaya cifrada, sino no tiene sentido el formateo este que obliga a hacer. La 3DS cifra sólo los datos de la SD y se puede leer en un PC, el HDD de WiiU no se podrá, por eso me inclino por el cifrado de la partición.
Y respecto al traspaso... tal vez si se clone la partición bit a bit (RAW) funcione.