Normalmente es mejor el FAT. La razón es simple. FAT es mucho mas simple que FAT32, mas nuevo (xD), por lo que se tiene que procesar menos.
Hay otro motivo también, es el hecho de la lectura de memoria que hacen los flashcarts : de muchos cluster diferentes no seguidos. Eso, por mucho que les duela, lo hace mejor el FAT16 que el 32. Si solo necesitas 8, mejor tener que leer 16 que no 32.
Si se leyese todo de golpe, es muchísimo mejor el 32. De ahí la evolución en los Pc normales.