Yo antes usaba W98 con FAT32 y el Nero que te parte los archivos de mas de 4GB en dos y los grababa perfectamente, ahora uso XP y NTFS y me va bien igualmente con el Nero o el Record Now Max.
normalmente los programas bajo fat32 hacen eso , lo guardan en archivos de 2gb o menos.Yo tengo una particion ntfs y una fat32 y para grabar uso la ntfs y me va perfectamente