xhachin, has usado alguna vez romcenter? con este programa se pueden ordenar tus colecciones de roms dependiendo del emulador que uses. el fbaxxx 1.28 trae un archivo (o se puede generar desde el mismo programa) llamado romcenter.dat o algo similar. abrelo con el romcenter y luego dile donde tienes las roms.
aqui no se da soporte a roms, buscate algun tuto del romcenter y aprenderas a arreglar esas roms que no te van, obviamente si estan soportadas por el emu.