En una FCT tienes el horario de la empresa, no hay horas extras porque no estás siendo remunerado y el contrato/acuerdo es con el centro escolar y la empresa y no contigo.
Sencillamente creo legalmente sería denunciable porque tu horario de FCT no es ese, pero será algo que no va a pasar porque ni la empresa ni el centro van querer problemas.
Si estás haciendo más horas de las que debes dilo en el centro, la FCT es formación y es como otra asignatura más, por lo tanto no eres ni un trabajador de la empresa, aunque se columpien y a veces te puedan exigir lo mismo.