En teoría no se puede, tienes que jugar con los jugadores predefinidos, sin editar ni cambiar los equipos.
Digo que en "teoría", ya que yo una vez jugue con un tío que tenía al Real Madrid "tuneado", pero alomejor es que era de PC y con ordenador si se puede, o que sabía algún truco. Pero en principio no se puede modificar los equipos.
Pero si puedes jugar las competiciones de Liga Master con tu equipo, me parece.
P.D: he contestado pensando que te referías al PES 6 de PS2, pero deberías especificar un poco más de que juego se trata.