Ya me imaginaba que pasando primero a AVI funcionaría, pero eso es doble trabajo, por eso si es posible hacerlo sin pasar a AVI me gustaría saberlo.
Además tampoco estoy seguro que sea por el delay del AC3, ya que con algunas aplicaciones con las que se puede mirar, me dice que el delay del DVD que he convertido es de 88 ms, y sin embargo está desincronizado más o menos medio segundo.
Muchas gracias de todos modos por la ayuda.
EDITO: Ya he conseguido solucionar el problema de la sincronización, usando una versión del x264 que funciona con Virtual Dub. Por desgracia tiene un inconveniente y es que la codificación de vídeo es mucho más lenta. Con el AVItoPMP codificaba vídeo a unos 30 fps y con el VirtualDub únicamente a unos 12 fps.