Sí, es más cómodo meter el crack en el CD. Pienso que es posible, por lo menos en el Easy CD Creator:
Primero seleccionas todo el CD del Fifa2001 y luego le añades el crack a la compilación, y creas la imagen.
(He intentado hacerlo ahora en un segundo y la imagen sí que tedeja crearla habiéndole metido un directorio nuevo con el crack). De todas formas el método de "prueba y fallo" es infalible (yo a veces utilizo un CD regrabable cuando no estoy seguro de si la voy a cagar).
Ese es el problema del Easy Cd y del Nero, que cuando haces imágenes te las graba al disco duro como un fichero y no puedes tocarlo. Lo ideal sería el BlindRead pero no sé porqué lo extrae mal (quizás copiando directamente el directorio ".castanet" que es el que no copia el Blind funcione y así sí que se le pueda añadir el crack).
De todas formas, en último caso, tampoco creo que sea demasiado problema no meter el parche en el CD y tenerlo en un disco, o guardarlo en un CD aparte con todos los cracks que tengas.
Suerte, y a disfrutar, que el juego es la caña!!