Veamos:
Cuando Rei esta recolectando las almas humanas, no las esta matando, las esta uniendo todas en unico ser, lo de Guendo no me he dado cuenta, y no te puedo responder bien, pero podria ser que, al ser devorado por el Eva 01, se pueda reunir con Yui, porque me parece recordar que sale hablando con el cuando esta a punto de devorarlo.
Al segundo punto, Guendo lleva a Adan COSIDO en la mano, que es el embrion que le lleva el tio de la coleta (es que no me acuerdo como se llama, el que salia con misato
), por eso le amputa la mitad del brazo, porque Guendo le queria quitar el "sitio" a Shinji, y poder reunirse con Yui, respecto a que es Rei, creo que es Lilith, lo que no se es si es su cuerpo o su alma o una parte de ella, juraria que es su alma, y por eso tienen cuerpos de repuesto.....
Respecto a los angeles, cada angel representa una faceta distinta de dios (se puede decir, ademas de otras probabilidades de "humanos"), por ejemplo, Kaowru o como se escriba, representa el amor, en el End of Evangelion, Misato le explica a Shinji lo que son, cuando van en el coche.
Respecto al final, creo que empieza una nueva era desde cero (o desde Eva y Adan vamos)
Un saludo