Yo te confirmo que hay dos versiones del juego, y seguramente sea eso. Si dispones de ambos versiones hay una forma de comprobarlo, y es mirando las fechas de algunos ficheros. Si no recuerdo mal el KERNEL.BIN era uno de los que cambiaba, y si tienen fecha diferente, o tamaño diferente, es por eso. La fecha, si no recuerdo mal, variaba uno o dos meses, que es lo que tardaron en sacar la actualización.
Los savegames deben servirte sin problemas porque no cambiaron su estructura.